1 - O pacote tem referencia directa ao "driver" dvips no uso de cores (\usepackage[dvips]{color})
isto implica que normalmente as cores não funcionem ou funcionem mal quando se usa o pdfLateX

2 - o pacote a4wide (\usepackage{a4wide}) apresentado no exemplo do uathesis não funciona em com o
pdfLateX. Eu substitui  este pacote pelo geometry  -
\usepackage[reset, pdftex, a4paper,twoside,right=2.5cm,left=3cm,top=4cm,bottom=3cm]{geometry}
Existem graves problemas na construção das margens do documento quando se usa a combinação
uathesis+a4wide+pdfLatex.